تنقسم محافظة نينوى إلى تسعة أقضية هي:
الكنيسة الكاثوليكية الكلدانية • الكنيسة الكاثوليكية السريانية • الكنيسة الأرثوذكسية السريانية • كنيسة الشرق الآشورية يارسانية • يزيدية • مندائية